Факультет управления процессами перевозок (до 1982 г. - эксплуатационный факультет) как самостоятельное подразделение организован 1 февраля 1968 г. Однако подготовка специалистов по профилю факультета началась раньше - с сентября 1964 г., когда было принято решение ученого совета института о создании кафедры "Эксплуатация железных дорог".
Первым деканом факультета стал кандидат технических наук, доцент Александр Анатольевич Павлов - выпускник Новосибирского института инженеров железнодорожного транспорта (НИИЖТ). Под его руководством были созданы лаборатория диспетчерского руководства движением поездов, кабинет организации и механизации грузовой работы, разработаны материалы машинного программированного контроля.
В 70-х гг. в рамках специальности "Организация перевозок и управление на железнодорожном транспорте" наряду с подготовкой инженеров по специализации "Управление процессами перевозок на магистральных железных дорогах" факультет стал готовить специалистов по специализации - "Управление грузовой и коммерческой работой на железнодорожном транспорте", а с 2002 г. "Управление грузовой и коммерческой работой в международном сообщении".
С 1994 г. в связи с ростом пассажиропотока факультет ведет подготовку инженеров в рамках четвертой специализации "Управление пассажирскими перевозками (Сервис на транспорте)" а в 2007 году открыта новая специализация "Транспортная логистика".
В 2000 г. началась подготовка специалистов на базе среднего специального образования с ускоренным сроком обучения - 4,5 года.
С 1998 г. на факультете открыт прием на новые специальности "Безопасность технологических процессов и производств" и "Инженерная защита окружающей среды". В 2003 г. состоялся первый выпуск студентов дневного отделения по этим двум специальностям.
В 1964 г. прием на факультет по специальности "Организация перевозок и управление на железнодорожном транспорте" составил 50 человек, в 1965-1970 гг. - 75 человек ежегодно, в 1971 - 1975 гг. - 100 человек. В настоящее время на первом курсе факультета управления процессами перевозок учится 232 студента, а всего на факультете обучается около 1170 человек. Соответственно росло число выпускников. За годы своего существования факультет подготовил более 4 тысяч специалистов из которых более 500 окончили университет с красным дипломом.
Штат кафедр факультета укомплектован высококвалифицированными специалистами.
Факультет располагает хорошо оснащенной лабораторной базой, в состав которой входят лаборатории автоматизированного управления движением поездов, вычислительной техники, математического моделирования, мониторинга, биоэкологии, природоохранной техники, гидравлики и теплотехники, электробезопасности и пожарной безопасности, охраны труда и др. Лаборатории оснащены электронно-вычислительной аппаратурой, техническими средствами обучения, персональными компьютерами.
В сферу деятельности инженеров входит: организация движения грузовых и пассажирских поездов на сети железных дорог; планирование грузовых и пассажирских перевозок; разработка технологических процессов грузовых и пассажирских станций; разработка технических условий погрузки и крепления грузов; составление единых технологических процессов работы станций и подъездных путей промышленных предприятий, безопасностью технологических процессов, промышленной безопасностью, охраной труда, аттестацией и сертификацией работ в области охраны труда, инженерной защитой воздушного и водного бассейна, мониторинга состояния окружающей среды и т.д.
Выпускники работают руководителями и инженерами всех рангов на станциях, в отделениях и управлениях железных дорог, а имеющие склонность к проектной и исследовательской работе - в институтах по проектированию железнодорожных станций и узлов, научно-исследовательских институтах, отделах по экологической экспертизе.